A Fundação São Paulo é a mantenedora da PUC-SP. O Arcebispo Metropolitano de São Paulo é o presidente da Fundação e Grão-Chanceler da Universidade. Esta é dirigida por uma Reitoria, com o apoio de dois Conselhos Superiores (Conselho Universitário, Consun, e Conselho de Administração, Consad) e cinco Pró-Reitorias (Graduação; Pós-Graduação; Educação Continuada; Cultura e Relações Comunitárias; e Planejamento, Desenvolvimento e Gestão.

A PUC-SP tem 9 faculdades, 47 departamentos, 47 cursos de graduação e 31 programas de pós-graduação (28 mestrados acadêmicos, 4 mestrados profissionais e 21 doutorados). Em nível de aperfeiçoamento, especialização e extensão a PUC-SP oferece cerca de 330 cursos. Atualmente a Universidade é composta por seis campi (Monte Alegre, Marquês de Paranaguá, Santana, Ipiranga, Barueri e Sorocaba) e duas unidades (Cogeae-Consolação e Derdic).