O Programa de Estudos Pós-Graduados em Economia Política foi criado em 1977, mas a concepção do Curso data de 1980, como uma alternativa aos cursos de Pós-Graduação em Ciências Econômicas oferecidos no país. Foram seus fundadores economistas de renome como Pedro Calil e Paul Singer.

Desde sua criação o Programa tem passado por contínuo processo de revisão, aprimoramento e atualização do curso e quadro de docentes. Avaliado pela CAPES desde o início de suas atividades, manteve o conceito 4 na avaliação trienal de 2007-2009 (http://www.capes.gov.br), dentro de uma escala máxima de até 5, atribuída a Programas de Mestrado que não possuem Doutorado. Em 1997 o Programa se associou à ANPEC, passando a integrar o Conselho Deliberativo desta Entidade.

O Programa desenvolve esforço permanente de aprimoramento das atividades acadêmicas e realiza contínuo processo de atualização das atividades, com especial atenção às recomendações das avaliações da Capes. O processo inclui sistemática auto-avaliação de docentes e discentes, criação de novas disciplinas, obrigatórias e básicas, ampliação do leque de disciplinas eletivas, de modo a contemplar melhor as linhas de pesquisa atuantes do Programa.