Por ser uma das melhores instituições de ensino superior do país, a PUC-SP possui convênios com as principais agências de fomento à pesquisa do governo federal, destacando-se a CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior e o CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

Esta condição possibilita à PUC-SP receber, por meio de concessão institucional, bolsas de mestrado e doutorado fundamentais à formação de pesquisadores e docentes que optam pelos Programas de pós-graduação stricto sensu da Universidade.